まずは当事者同士で話し合い、合意すれば問題はありません。
当事者同士で子供の親権が決まらない場合には協議離婚をすることはできなくなります。

未成年の子供がいる場合、離婚するには夫か妻のどちらが親権者になるのかを必ず決める必要があります。
なぜならば離婚届にはどちらが親権者になるのか記載する欄があり、記載しないと離婚届を受理してもらえないからです。
離婚後も夫婦共同で親権者になるということは認められていません。